Cơ cấu tổ chức của Trường Cao đẳng Y tế Bạch Mai bao gồm:
1.     Hội đồng Trường;
2.     Hiệu trưởng và các Phó Hiệu trưởng;
3.     Hội đồng khoa học và đào tạo và các Hội đồng tư vấn khác;
4.     Các phòng ban chức năng

a) Phòng Đào tạo
b) Phòng Hành chính - Tổng hợp
c) Phòng Đảm bảo chất lượng - Công tác Học sinh, sinh viên

5.     Các bộ môn

a) Khoa Điều dưỡng
b) Khoa Khoa học Cơ bản
c) Khoa Kỹ thuật Y học
d) Khoa Y học cơ sở
e) Khoa Y học lâm sàng